Старший инженер данных

Об Оракле Онкология
В Orakl Oncology мы ускоряем разработку методов лечения онкологических заболеваний. Сегодня менее 5% новых лекарств от рака успешно проходят клинические испытания. Очевидно, что необходимы новые методы. Мы объединяем передовую биологию и искусственный интеллект для создания платформ анализа следующего поколения с крупнейшей в мире когортой аватаров пациентов с опухолями. Эти аватары питают нашу систему прогнозирования на базе искусственного интеллекта, помогая предвидеть результаты клинических испытаний, проверять методы лечения и находить новые кандидаты на лекарства. Создавая мультимодальные данные из реального мира, мы предоставляем информацию, которая неизменно превосходит существующие решения.
Наша миссия проста, но амбициозна: предоставить более эффективные методы лечения пациентам, которые в них нуждаются, и сделать разработку лекарств более разумной, быстрой и персонализированной. Мы сотрудничаем с ведущими больницами, исследовательскими институтами и фармацевтическими компаниями по всему миру. При поддержке ведущих инвесторов мы являемся быстрорастущим стартапом, ориентированным на миссию, на стыке науки и технологий.

Роль
Мы ищем любознательного инженера, который возглавит масштабирование омических данных Orakl в команде вычислительной биологии.
Каждый органоид, выращенный в нашей лаборатории, секвенирован (WGS и RNA-seq). Наши конвейеры превращают необработанные данные в обработанные молекулярные профили, а наши модели превращают эти профили в прогнозы клинических испытаний, сегменты пациентов и новых целевых кандидатов. Ваша миссия будет заключаться в том, чтобы сделать данные омики доступными для вычислительных биологов и инженеров-исследователей в такой форме, на которой они смогут опираться. Вы соберете их потребности и в координации с командой Data & Infra разработаете представления данных, схемы хранения и шаблоны доступа, которые сделают обучение моделей и экспериментирование быстрыми и воспроизводимыми. По мере расширения нашего биобанка он станет огромным корпусом омикс, который должен будет эффективно обслуживать клиентские контракты, стратегическое партнерство и внутренние проекты исследований и разработок.
На основе обработанных данных омики вы оцените, как они хранятся и обслуживаются сегодня, предложите решения для их масштабирования и проведете их реализацию, чтобы наши ученые и модели могли на них положиться. Вы будете создавать это рука об руку с нашей командой по разработке данных, обеспечивая согласованность нашей омной инфраструктуры с остальной частью стека компании. Вы будете подчиняться руководителю отдела вычислительной биологии.
Опыт работы с данными омикса является большим плюсом, а не обязательным условием. Если вы пришли из мира обычных табличных данных и хотите управлять массивными, многоуровневыми и регулярно обрабатываемыми данными, эта роль создана для вас.

Что ты будешь делать

• Спроектировать и построить архитектуру данных omics. Вместе с нашей командой по разработке данных определите и развивайте способы хранения данных omics по мере роста корпуса: что хранится в базе данных, что остается в столбчатых файлах на S3 и как все это соответствует стеку компании.

• Гарантия надежного проглатывания. Убедитесь, что каждая новая партия обработанных данных омики (вызовы вариантов, выражения, CNV, показатели контроля качества, отслеживание образцов и секвенирования) надежно и согласованно с нашим определением модели данных.

• Создавать и поддерживать модель данных OMICS. Поддерживайте тщательно подобранный эталонный слой в качестве единственного источника достоверной информации, храните готовые для модели наборы данных, полученные на его основе, отдельно и отслеживайте родословную между ними, чтобы можно было отследить все входные данные модели до их источника.

• Сделайте данные простыми в использовании. Создавайте и развивайте уровень доступа, чтобы ученые и модели получали все, что им нужно для клиентских контрактов, стратегического партнерства и внутренних исследований и разработок, без необходимости писать заявки или спрашивать кого-либо.

Что ты принесешь
Обязательно

• Более 4 лет работы в качестве инженера по обработке данных. Созданные вами конвейеры приема данных работают в производственной среде.

• Степень магистра в области компьютерных наук, разработки программного обеспечения, разработки данных (или аналогичный опыт)

• Практический опыт настройки и поддержки CI/CD для конвейеров данных и библиотек кода.

• Большой опыт моделирования данных: вы разработали схемы, которые обрабатывают развивающиеся идентификаторы, управление версиями и происхождением.

• Глубокий опыт работы с реляционными базами данных: проектирование схемы, секционирование, индексирование, планы запросов, миграция в действующей базе данных.

• Навыки глубокой облачной инфраструктуры: AWS (S3 и основные сервисы), инфраструктура как код (Terraform или эквивалент) и контейнеры (Docker), умение правильно определять, что принадлежит базе данных, а что остается в файлах.

• Большой опыт работы с Python и SQL; комфортно работать с Git, CI и командной строкой.

• Вы можете предлагать варианты архитектуры, защищать их и сходиться с коллегами-разработчиками.

• Реальное стремление понять омику, в том числе то, как обрабатываются наши данные, чтобы вы могли заменить нашего старшего биоинформатика, когда он отсутствует.

Приятно иметь

• Опыт Omics: вы загрузили файлы VCF/MAF или матрицы выражений. Знакомство с конвейерами Nextflow/nf-core.

• Столбчатые форматы и движки (Parquet, Arrow, DuckDB) и оркестратор (Dagster, Airflow, Prefect).

• Метабаза или другой уровень BI поверх реляционной базы данных.

• Интеграция системы отслеживания образцов LIMS или биобанка.

• Техническое биологическое образование или предыдущая работа рядом с биоинформатиками.

Что мы предлагаем

• Миссия: работать в передовых условиях, на переднем крае исследований рака.

• Роль: быть инженером, лежащим в основе данных уникальной платформы для открытия онкологических исследований, — вместе с нашей командой инженеров данных разрабатывать, как хранить, обслуживать и масштабировать один из самых редких в мире мультиомных и функциональных наборов данных PDO, чтобы ученые и модели могли использовать его каждый день.

• Воздействие: возьмите на себя ответственность за важнейшую часть быстро развивающейся компании на начальном этапе развития с возможностью ее формирования; ваши инженерные решения повлияют на нашу науку и, в конечном итоге, на результаты лечения пациентов.

• Команда: присоединитесь к сплоченной междисциплинарной команде, где вы будете работать вместе с выдающимися врачами, биологами и инженерами над общей миссией.

Процесс собеседования

• Звонок менеджеру по найму: знакомство друг с другом, согласование ожиданий и контекста.…

Источник: Arbeitnow (https://www.arbeitnow.fr/jobs/companies/orakl-oncology/senior-data-engineer-villejuif-140285).