Starszy inżynier danych

O Orakl Onkologii
W Orakl Oncology przyspieszamy rozwój terapii onkologicznych. Obecnie mniej niż 5% nowych leków przeciwnowotworowych pomyślnie przechodzi badania kliniczne. Jest oczywiste, że potrzebne są nowe metody. Łączymy najnowocześniejszą biologię i sztuczną inteligencję, aby budować platformy wglądu nowej generacji z największą na świecie kohortą awatarów pacjentów z nowotworami. Te awatary napędzają nasz silnik predykcyjny oparty na sztucznej inteligencji, pomagając przewidywać wyniki badań klinicznych, walidować terapie i odkrywać nowych kandydatów na leki. Generując multimodalne dane ze świata rzeczywistego, dostarczamy spostrzeżeń, które stale przewyższają istniejące rozwiązania.
Nasza misja jest prosta, ale ambitna: zapewnić skuteczniejsze metody leczenia pacjentom, którzy ich potrzebują oraz sprawić, by opracowywanie leków było mądrzejsze, szybsze i bardziej spersonalizowane. Współpracujemy z najlepszymi szpitalami, instytutami badawczymi i firmami farmaceutycznymi na całym świecie. Wspierani przez wiodących inwestorów, jesteśmy szybko rozwijającym się startupem z misją, działającym na styku nauki i technologii.

Rola
Poszukujemy ciekawego inżyniera, który poprowadzi skalowanie danych omicznych firmy Orakl w zespole Computational Biology.
Każdy organoid hodowany w naszym laboratorium jest sekwencjonowany (WGS i RNA-seq). Nasze potoki przekształcają surowe odczyty w przetworzone profile molekularne, a nasze modele przekształcają te profile w prognozy badań klinicznych, segmenty pacjentów i nowych kandydatów docelowych. Twoją misją będzie udostępnienie danych omicznych biologom obliczeniowym i inżynierom badawczym w formie, na której będą mogli bazować. Zbierzesz ich potrzeby i we współpracy z zespołem Data & Infra zaprojektujesz reprezentacje danych, układy przechowywania i wzorce dostępu, dzięki którym szkolenie modeli i eksperymentowanie będzie szybkie i powtarzalne. W miarę rozwoju naszego biobanku stanie się on ogromnym korpusem omicznym, który musi skutecznie obsługiwać kontrakty z klientami, partnerstwa strategiczne i wewnętrzne projekty badawczo-rozwojowe.
Zaczynając od przetworzonych danych omicznych, ocenisz, w jaki sposób są one obecnie przechowywane i obsługiwane, zaproponujesz rozwiązania umożliwiające ich skalowanie i poprowadzisz ich wdrożenie, aby nasi naukowcy i modele mogli na nich polegać. Zbudujesz to ramię w ramię z naszym zespołem inżynierii danych, utrzymując spójność naszej infrastruktury omicznej z resztą stosu firmy. Będziesz podlegał kierownikowi Katedry Biologii Obliczeniowej.
Doświadczenie z danymi omicznym jest mocnym plusem, a nie warunkiem wstępnym. Jeśli pochodzisz ze świata konwencjonalnych danych tabelarycznych i chcesz opanować dane, które są ogromne, wielowarstwowe i regularnie poddawane ponownemu przetwarzaniu, ta rola jest stworzona dla Ciebie.

Co zrobisz

• Zaprojektuj i zbuduj architekturę danych omicznych. Razem z naszym zespołem inżynierii danych zdefiniuj i rozwijaj sposób przechowywania danych omicznych w miarę rozwoju korpusu: co znajduje się w bazie danych, co pozostaje w plikach kolumnowych na S3 i jak to wszystko pasuje do stosu firmy.

• Gwarancja niezawodnego spożycia. Upewnij się, że każda nowa partia przetworzonych danych omicznych (wywołania wariantów, wyrażenia, CNV, metryki kontroli jakości, śledzenie próbek i sekwencjonowania) trafia niezawodnie i spójnie z naszą definicją modelu danych.

• Zbuduj i utrzymuj model danych omicznych. Utrzymuj wyselekcjonowaną warstwę referencyjną jako pojedyncze źródło prawdy, przechowuj oddzielnie pochodzące z niej zestawy danych gotowe do stworzenia modelu i śledź pochodzenie między nimi, aby każdy model wejściowy mógł zostać prześledzony aż do źródła.

• Spraw, aby dane były łatwe w użyciu. Buduj i rozwijaj warstwę dostępu, aby naukowcy i modelki otrzymywali to, czego potrzebują w ramach umów z klientami, partnerstw strategicznych oraz wewnętrznych badań i rozwoju, bez konieczności pisania o dołączeniach lub proszenia kogoś.

Co przynosisz
Niezbędne rzeczy

• Ponad 4 lata pracy jako inżynier danych, z zbudowanymi przez siebie potokami pozyskiwania działającymi w środowisku produkcyjnym.

• Magister informatyki, inżynierii oprogramowania, inżynierii danych (lub równoważne doświadczenie)

• Praktyczne doświadczenie w konfigurowaniu i utrzymywaniu CI/CD dla potoków danych i bibliotek kodu.

• Duże doświadczenie w modelowaniu danych: zaprojektowałeś schematy obsługujące ewoluujące identyfikatory, wersjonowanie i pochodzenie.

• Głęboka wiedza na temat relacyjnych baz danych: projektowanie schematów, partycjonowanie, indeksowanie, plany zapytań, migracje w działającej bazie danych.

• Umiejętności w zakresie infrastruktury głębokiej chmury: AWS (S3 i usługi podstawowe), infrastruktura w postaci kodu (Terraform lub równoważny) i kontenery (Docker) z rozsądną oceną tego, co należy do bazy danych, a co pozostaje w plikach.

• Duże doświadczenie w Pythonie i SQL; dobrze radzisz sobie z Git, CI i linią poleceń.

• Możesz proponować rozwiązania architektoniczne, bronić ich i spotykać się z innymi inżynierami.

• Prawdziwa chęć zrozumienia omików, w tym sposobu przetwarzania naszych danych, abyś mógł zastępować naszego starszego bioinformatyka, gdy jest on nieobecny.

Miło to mieć

• Doświadczenie Omics: załadowałeś pliki VCF/MAF lub macierze wyrażeń. Znajomość rurociągów Nextflow / nf-core.

• Formaty i silniki kolumnowe (Parquet, Arrow, DuckDB) i orkiestrator (Dagster, Airflow, Prefect).

• Metabaza lub inna warstwa BI na relacyjnej bazie danych.

• Integracja śledzenia próbek LIMS lub biobanku.

• Wykształcenie tech-bio lub wcześniejsza praca u boku bioinformatyków.

Co oferujemy

• Misja: praca w najnowocześniejszym środowisku, w czołówce badań nad rakiem.

• Rola: bądź inżynierem odpowiedzialnym za szkielet danych wyjątkowej platformy odkryć onkologicznych — projektuj wraz z naszym zespołem inżynierii danych sposób przechowywania, udostępniania i skalowania jednego z najrzadszych na świecie multiomicznych i funkcjonalnych zbiorów danych PDO, tak aby naukowcy i modele mogli na nim bazować każdego dnia.

• Wpływ: przejęcie na własność kluczowego elementu szybko rozwijającej się firmy na wczesnym etapie rozwoju, z możliwością jego kształtowania; Twoje decyzje inżynieryjne będą miały wpływ na naszą naukę i ostatecznie na wyniki pacjentów.

• Zespół: dołącz do współpracującego, multidyscyplinarnego zespołu, w którym będziesz współpracować ze znakomitymi klinicystami, biologami i inżynierami na rzecz wspólnej misji.

Proces wywiadu

• Rozmowa z menadżerem ds. rekrutacji: wzajemne poznanie się, dostosowanie oczekiwań i kontekstu…

Źródło: Arbeitnow (https://www.arbeitnow.fr/jobs/companies/orakl-oncology/senior-data-engineer-villejuif-140285)