Senior Data Engineer

Σχετικά με το Orakl Oncology
Στην Orakl Oncology, επιταχύνουμε την ανάπτυξη ογκολογικών θεραπειών. Σήμερα, λιγότερο από το 5% των νέων αντικαρκινικών φαρμάκων πετυχαίνουν σε κλινικές δοκιμές. Είναι σαφές ότι χρειάζονται νέες μέθοδοι. Συνδυάζουμε βιολογία αιχμής και τεχνητή νοημοσύνη για να δημιουργήσουμε την επόμενη γενιά πλατφορμών πληροφοριών με τη μεγαλύτερη ομάδα είδωλα όγκων ασθενών στον κόσμο. Αυτά τα άβαταρ τροφοδοτούν τον προγνωστικό μας κινητήρα που λειτουργεί με AI, βοηθώντας στην πρόβλεψη των αποτελεσμάτων των κλινικών δοκιμών, στην επικύρωση θεραπειών και στην αποκάλυψη νέων υποψηφίων φαρμάκων. Με τη δημιουργία πολυτροπικών δεδομένων πραγματικού κόσμου, παρέχουμε insights που ξεπερνούν σταθερά τις υπάρχουσες λύσεις.
Η αποστολή μας είναι απλή αλλά φιλόδοξη: να προσφέρουμε πιο αποτελεσματικές θεραπείες σε ασθενείς που τις χρειάζονται και να κάνουμε την ανάπτυξη φαρμάκων πιο έξυπνη, ταχύτερη και πιο εξατομικευμένη. Συνεργαζόμαστε με κορυφαία νοσοκομεία, ερευνητικά ινστιτούτα και φαρμακευτικές εταιρείες παγκοσμίως. Υποστηριζόμενοι από κορυφαίους επενδυτές, είμαστε μια ταχέως αναπτυσσόμενη startup, με γνώμονα την αποστολή, στο σταυροδρόμι της επιστήμης και της τεχνολογίας.

Ο ρόλος
Αναζητούμε ένα περίεργο μυαλό μηχανικής για να ηγηθεί της κλιμάκωσης των δεδομένων omics της Orakl εντός της ομάδας Υπολογιστικής Βιολογίας.
Κάθε οργανοειδές που αναπτύσσεται στο εργαστήριό μας προσδιορίζεται ως προς την αλληλουχία (WGS και RNA-seq). Οι αγωγοί μας μετατρέπουν τις ακατέργαστες αναγνώσεις σε επεξεργασμένα μοριακά προφίλ και τα μοντέλα μας μετατρέπουν αυτά τα προφίλ σε προβλέψεις κλινικών δοκιμών, τμήματα ασθενών και νέους υποψήφιους στόχους. Η αποστολή σας θα είναι να καταστήσετε διαθέσιμα δεδομένα omics σε υπολογιστικούς βιολόγους και ερευνητές μηχανικούς με μια μορφή που μπορούν να βασιστούν. Θα συγκεντρώσετε τις ανάγκες τους και, σε συντονισμό με την ομάδα Data & Infra, θα σχεδιάσετε τις αναπαραστάσεις δεδομένων, τις διατάξεις αποθήκευσης και τα μοτίβα πρόσβασης που κάνουν την εκπαίδευση και τον πειραματισμό μοντέλων γρήγορη και αναπαραγώγιμη. Καθώς η βιοτράπεζά μας επεκτείνεται, θα γίνει ένα τεράστιο omics corpus που πρέπει να εξυπηρετεί αποτελεσματικά τις συμβάσεις πελατών, τις στρατηγικές συνεργασίες και τα εσωτερικά έργα Ε&Α.
Ξεκινώντας από τα επεξεργασμένα δεδομένα omics, θα αξιολογήσετε τον τρόπο με τον οποίο αποθηκεύονται και εξυπηρετούνται σήμερα, προτείνετε λύσεις για την κλιμάκωσή τους και καθοδήγηση της εφαρμογής τους, ώστε οι επιστήμονες και τα μοντέλα μας να μπορούν να βασίζονται σε αυτά. Θα το δημιουργήσετε χέρι-χέρι με την ομάδα μηχανικής δεδομένων μας, διατηρώντας την υποδομή omics μας συνεπή με την υπόλοιπη στοίβα της εταιρείας. Θα αναφερθείτε στον Προϊστάμενο Υπολογιστικής Βιολογίας.
Η εμπειρία με τα δεδομένα omics είναι ένα ισχυρό πλεονέκτημα, όχι προαπαιτούμενο. Εάν προέρχεστε από τον κόσμο των συμβατικών πινάκων δεδομένων και θέλετε να κυριαρχήσετε σε δεδομένα που είναι τεράστια, πολλαπλών επιπέδων και τακτικά επανεπεξεργάζονται, αυτός ο ρόλος είναι κατασκευασμένος για εσάς.

Τι θα κάνεις

• Σχεδιάστε και κατασκευάστε την αρχιτεκτονική δεδομένων omics. Μαζί με την ομάδα μηχανικής δεδομένων μας, καθορίστε και εξελίξτε πώς αποθηκεύονται τα δεδομένα omics καθώς μεγαλώνει το σώμα: τι μένει σε μια βάση δεδομένων, τι μένει σε αρχεία στήλης στο S3 και πώς ταιριάζουν όλα στη στοίβα της εταιρείας.

• Εγγύηση αξιόπιστης κατάποσης. Βεβαιωθείτε ότι κάθε νέα παρτίδα επεξεργασμένων δεδομένων omics (κλήσεις παραλλαγής, έκφραση, CNV, μετρήσεις QC, παρακολούθηση δείγματος και αλληλουχίας) προσαρμόζεται αξιόπιστα και με συνέπεια με τον ορισμό του μοντέλου δεδομένων μας.

• Δημιουργία και διατήρηση του μοντέλου δεδομένων omics. Διατηρήστε ένα επιμελημένο επίπεδο αναφοράς ως τη μοναδική πηγή αλήθειας, διατηρήστε ξεχωριστά σύνολα δεδομένων έτοιμα για μοντέλο που προέρχονται από αυτό και παρακολουθήστε τη γενεαλογία μεταξύ των δύο, έτσι ώστε κάθε είσοδος μοντέλου να μπορεί να ανιχνευθεί πίσω στην πηγή του.

• Κάντε τα δεδομένα εύχρηστα. Δημιουργήστε και εξελίξτε το επίπεδο πρόσβασης, ώστε οι επιστήμονες και τα μοντέλα να λαμβάνουν ό,τι χρειάζονται για συμβάσεις πελατών, στρατηγικές συνεργασίες και εσωτερική Ε&Α, χωρίς να γράφουν εγγραφές ή να ρωτούν κάποιον.

Αυτό που φέρνεις
Must-haves

• 4+ χρόνια ως μηχανικός δεδομένων, με αγωγούς απορρόφησης που κατασκευάσατε και λειτουργούν στην παραγωγή.

• Μεταπτυχιακό στην Επιστήμη των Υπολογιστών, στη Μηχανική Λογισμικού, στη Μηχανική Δεδομένων (ή αντίστοιχη εμπειρία)

• Πρακτική εμπειρία στη ρύθμιση και συντήρηση CI/CD για αγωγούς δεδομένων και βιβλιοθήκες κωδικών.

• Ισχυρή εμπειρία μοντελοποίησης δεδομένων: έχετε σχεδιάσει σχήματα που χειρίζονται εξελισσόμενα αναγνωριστικά, έκδοση εκδόσεων και γενεαλογία.

• Βαθιά σχεσιακή εξειδίκευση στη βάση δεδομένων: σχεδιασμός σχημάτων, κατατμήσεις, ευρετηρίαση, σχέδια ερωτημάτων, μετεγκαταστάσεις σε ζωντανή βάση δεδομένων.

• Δεξιότητες υποδομής Deep cloud: AWS (S3 και βασικές υπηρεσίες), υποδομή ως κώδικα (Terraform ή ισοδύναμο) και κοντέινερ (Docker), με ορθή κρίση για το τι ανήκει σε μια βάση δεδομένων και τι παραμένει στα αρχεία.

• Ισχυρή εμπειρία σε Python και SQL. άνετα με το Git, το CI και τη γραμμή εντολών.

• Μπορείτε να προτείνετε αρχιτεκτονικές επιλογές, να τις υπερασπιστείτε και να συγκλίνετε με συνομηλίκους μηχανικούς.

• Μια πραγματική ώθηση για την κατανόηση των omics, συμπεριλαμβανομένου του τρόπου επεξεργασίας των δεδομένων μας, ώστε να μπορείτε να αναλάβετε τον Ανώτερο Βιοπληροφορικό μας όταν λείπει.

Ωραίος

• Εμπειρία Omics: έχετε φορτώσει αρχεία VCF/MAF ή πίνακες έκφρασης. Εξοικείωση με τους αγωγούς Nextflow / nf-core.

• Μορφές στήλης και μηχανές (Parquet, Arrow, DuckDB) και ενορχηστρωτής (Dagster, Airflow, Prefect).

• Μεταβάση ή άλλο επίπεδο BI πάνω από μια σχεσιακή βάση δεδομένων.

• Ενσωμάτωση παρακολούθησης δειγμάτων LIMS ή βιοτράπεζας.

• Ένα υπόβαθρο tech-bio, ή προηγούμενη εργασία δίπλα σε βιοπληροφορικούς.

Τι προσφέρουμε

• Αποστολή: εργασία σε περιβάλλον αιχμής, στην πρώτη γραμμή της έρευνας για τον καρκίνο.

• Ρόλος: γίνετε ο μηχανικός πίσω από τη ραχοκοκαλιά δεδομένων μιας ξεχωριστής πλατφόρμας ανακάλυψης ογκολογίας — σχεδιάζοντας, με την ομάδα μηχανικών δεδομένων μας, πώς αποθηκεύεται, εξυπηρετείται και κλιμακώνεται ένα από τα πιο σπάνια σύνολα δεδομένων PDO πολλαπλών ομικών και λειτουργικών δεδομένων στον κόσμο, έτσι ώστε οι επιστήμονες και τα μοντέλα να μπορούν να βασίζονται σε αυτό κάθε μέρα.

• Αντίκτυπος: αποκτήστε την κυριότητα ενός κρίσιμου τμήματος μιας εταιρείας σε πρώιμο στάδιο, ταχέως εξελισσόμενη, με την ευκαιρία να το διαμορφώσετε. οι μηχανολογικές σας αποφάσεις θα μεταφερθούν στην επιστήμη μας και, τελικά, στα αποτελέσματα των ασθενών.

• Ομάδα: εγγραφείτε σε μια συνεργατική, διεπιστημονική ομάδα όπου θα εργαστείτε μαζί με αστρικούς κλινικούς ιατρούς, βιολόγους και μηχανικούς για μια κοινή αποστολή.

Διαδικασία συνέντευξης

• Κλήση Υπεύθυνου Προσλήψεων: Γνωριμία, ευθυγράμμιση με τις προσδοκίες και το πλαίσιο.…

Πηγή: Arbeitnow (https://www.arbeitnow.fr/jobs/companies/orakl-oncology/senior-data-engineer-villejuif-140285)