Старший інженер з даних

Про Оракл Онкологія
В Orakl Oncology ми прискорюємо розробку методів лікування онкології. Сьогодні менше 5% нових ліків від раку проходять клінічні випробування. Очевидно, потрібні нові методи. Ми поєднуємо передову біологію та штучний інтелект, щоб створити наступне покоління аналітичних платформ із найбільшою у світі когортою аватарів пухлин пацієнтів. Ці аватари підживлюють наш механізм прогнозування на основі штучного інтелекту, допомагаючи передбачати результати клінічних випробувань, перевіряти методи лікування та відкривати нові препарати-кандидати. Завдяки генеруванню мультимодальних даних реального світу ми надаємо інформацію, яка незмінно перевершує існуючі рішення.
Наша місія проста, але амбітна: надати більш ефективні методи лікування пацієнтам, які їх потребують, і зробити розробку ліків розумнішою, швидшою та більш персоналізованою. Ми співпрацюємо з провідними лікарнями, дослідницькими інститутами та фармацевтичними компаніями по всьому світу. Підтримуючи провідних інвесторів, ми є стартапом, який швидко розвивається і працює на перетині науки та технологій.

роль
Ми шукаємо допитливого інженера, який би керував масштабуванням даних Orakl omics у команді Computational Biology.
Кожен органоїд, вирощений у нашій лабораторії, проходить секвенування (WGS та RNA-seq). Наші конвеєри перетворюють необроблені дані на оброблені молекулярні профілі, а наші моделі перетворюють ці профілі на прогнози клінічних випробувань, сегменти пацієнтів і нових цільових кандидатів. Ваша місія полягатиме в тому, щоб зробити дані omics доступними для обчислювальних біологів та інженерів-дослідників у формі, на якій вони зможуть працювати. Ви зберете їхні потреби та разом із командою Data & Infra розробите представлення даних, макети зберігання та шаблони доступу, які зроблять навчання моделі та експерименти швидкими та відтворюваними. У міру розширення нашого біобанку він стане масивним корпусом omics, який повинен ефективно обслуговувати клієнтські контракти, стратегічні партнерства та внутрішні проекти досліджень і розробок.
Починаючи з оброблених даних omics, ви оціните, як вони зберігаються та обслуговуються сьогодні, запропонуєте рішення для їх масштабування та керуватимете їх впровадженням, щоб наші вчені та моделі могли покладатися на це. Ви створюватимете це рука об руку з нашою командою розробників даних, щоб наша інфраструктура omics відповідала решті стеку компанії. Ви підпорядковуватиметеся начальнику відділу обчислювальної біології.
Досвід роботи з даними omics є сильною перевагою, а не обов’язковою умовою. Якщо ви походите зі світу звичайних табличних даних і хочете керувати даними, які є масивними, багатошаровими та регулярно повторно обробляються, ця роль створена для вас.

Що ви будете робити

• Проектувати та створювати архітектуру даних omics. Разом із нашою командою розробників даних визначте та розвивайте, як дані omics зберігаються в міру зростання корпусу: що зберігається в базі даних, що залишається у файлах зі стовпцями на S3, і як це все відповідає стеку компанії.

• Гарантія надійного проковтування. Переконайтеся, що кожна нова партія оброблених даних omics (виклики варіантів, вирази, CNV, показники контролю якості, відстеження вибірки та послідовності) надходить надійно та узгоджено з нашим визначенням моделі даних.

• Створення та підтримка моделі даних omics. Підтримуйте підібраний еталонний рівень як єдине джерело правди, зберігайте готові для моделі набори даних, отримані з нього окремо, і відстежуйте родовід між ними, щоб кожен вхідний сигнал моделі можна було відстежити назад до його джерела.

• Зробіть дані зручними для використання. Створюйте та розвивайте рівень доступу, щоб вчені та моделі отримували те, що їм потрібно для контрактів із клієнтами, стратегічного партнерства та внутрішніх досліджень і розробок, не створюючи приєднань і не запитуючи когось.

Що ви приносите
Маст-хев

• 4+ роки роботи інженером з обробки даних із створеними вами конвеєрами, які працюють у виробництві.

• Ступінь магістра з комп’ютерних наук, інженерії програмного забезпечення, інженерії даних (або еквівалентний досвід)

• Практичний досвід налаштування та підтримки CI/CD для конвеєрів даних і бібліотек коду.

• Великий досвід моделювання даних: ви розробили схеми, які обробляють ідентифікатори, що розвиваються, версії та походження.

• Глибокий досвід роботи з реляційними базами даних: проектування схем, розділення, індексування, плани запитів, міграція до живої бази даних.

• Навички глибокої хмарної інфраструктури: AWS (S3 і базові служби), інфраструктура як код (Terraform або еквівалент) і контейнери (Docker), з розумним судженням про те, що належить до бази даних, а що залишається у файлах.

• Великий досвід роботи з Python і SQL; зручно працювати з Git, CI та командним рядком.

• Ви можете пропонувати варіанти архітектури, захищати їх і спілкуватися з колегами-інженерами.

• Справжнє бажання зрозуміти omics, зокрема те, як обробляються наші дані, щоб ви могли замінити нашого старшого біоінформатика, коли його немає.

Приємно мати

• Досвід Omics: ви завантажили файли VCF/MAF або матриці виразів. Знайомство з конвеєрами Nextflow / nf-core.

• Колонкові формати та механізми (Parquet, Arrow, DuckDB) і оркестровник (Dagster, Airflow, Prefect).

• Метабаза або інший рівень BI поверх реляційної бази даних.

• Інтеграція відстеження зразків LIMS або біобанку.

• Технічно-біологічна освіта або попередня робота поруч із біоінформатиками.

Що ми пропонуємо

• Місія: працювати в передовому середовищі, на передньому краї досліджень раку.

• Роль: будьте інженером, який стоїть за основою даних унікальної платформи для виявлення онкології — разом із нашою командою розробників даних розробляйте, як зберігати, обслуговувати та масштабувати один із найрідкісніших у світі мультиомік PDO та функціональних наборів даних, щоб науковці та моделі могли будувати на його основі щодня.

• Вплив: взяти у власність важливу частину компанії на ранній стадії, що швидко розвивається, з можливістю її формування; Ваші інженерні рішення вплинуть на нашу науку та, зрештою, на результати пацієнтів.

• Команда: приєднайтеся до спільної міждисциплінарної команди, де ви працюватимете разом із зірковими клініцистами, біологами та інженерами над спільною місією.

Процес співбесіди

• Дзвінок менеджера з найму: знайомство, узгодження очікувань і контексту.…

Джерело: Arbeitnow (https://www.arbeitnow.fr/jobs/companies/orakl-oncology/senior-data-engineer-villejuif-140285)