Job
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Leitender Dateningenieur
Preis auf Anfrage
Details
- Beschäftigungsart
- Vollzeit
- Remote
- Ja
- Unternehmen
- Orakl Oncology
Beschreibung
Automatisch aus dem English übersetzt. Der Originaltext ist maßgeblich. Maschinenübersetzung – eine genauere Version wird vorbereitet.
Über Orakl Oncology
Bei Orakl Oncology beschleunigen wir die Entwicklung onkologischer Behandlungen. Heutzutage bestehen weniger als 5 % der neuen Krebsmedikamente in klinischen Studien Erfolg. Offensichtlich sind neue Methoden erforderlich. Wir kombinieren modernste Biologie und KI, um die nächste Generation von Insight-Plattformen mit der weltweit größten Kohorte von Tumor-Avataren von Patienten aufzubauen. Diese Avatare treiben unsere KI-gestützte Prognosemaschine an und helfen dabei, die Ergebnisse klinischer Studien zu antizipieren, Therapien zu validieren und neue Medikamentenkandidaten zu entdecken. Durch die Generierung multimodaler, realer Daten liefern wir Erkenntnisse, die bestehende Lösungen durchweg übertreffen.
Unsere Mission ist einfach, aber ehrgeizig: wirksamere Behandlungen für Patienten bereitzustellen, die sie benötigen, und die Arzneimittelentwicklung intelligenter, schneller und personalisierter zu gestalten. Wir arbeiten mit führenden Krankenhäusern, Forschungsinstituten und Pharmaunternehmen weltweit zusammen. Mit der Unterstützung führender Investoren sind wir ein schnell wachsendes, missionsorientiertes Startup an der Schnittstelle von Wissenschaft und Technologie.
Die Rolle
Wir suchen einen neugierigen Ingenieurskopf, der die Skalierung der Omics-Daten von Orakl innerhalb des Computational Biology-Teams leitet.
Jedes in unserem Labor gezüchtete Organoid wird sequenziert (WGS und RNA-seq). Unsere Pipelines wandeln die Rohdaten in verarbeitete molekulare Profile um, und unsere Modelle wandeln diese Profile in Vorhersagen für klinische Studien, Patientensegmente und neue Zielkandidaten um. Ihre Aufgabe wird es sein, Omics-Daten für Bioinformatiker und Forschungsingenieure in einer Form verfügbar zu machen, auf der sie aufbauen können. Sie erfassen deren Bedürfnisse und entwerfen in Abstimmung mit dem Data & Infra-Team die Datendarstellungen, Speicherlayouts und Zugriffsmuster, die das Training und Experimentieren mit Modellen schnell und reproduzierbar machen. Mit der Erweiterung unserer Biobank wird daraus ein riesiger Omics-Korpus, der Kundenverträge, strategische Partnerschaften und interne F&E-Projekte effizient bedienen muss.
Ausgehend von verarbeiteten Omics-Daten beurteilen Sie, wie diese heute gespeichert und bereitgestellt werden, schlagen Lösungen für deren Skalierung vor und treiben deren Umsetzung voran, damit sich unsere Wissenschaftler und Modelle darauf verlassen können. Sie bauen dies Hand in Hand mit unserem Data-Engineering-Team auf und sorgen dafür, dass unsere Omics-Infrastruktur mit dem Rest des Unternehmens-Stacks konsistent bleibt. Sie berichten an den Leiter Computational Biology.
Erfahrung mit Omics-Daten ist ein starkes Plus, keine Voraussetzung. Wenn Sie aus der Welt der herkömmlichen tabellarischen Daten kommen und umfangreiche, vielschichtige und regelmäßig wiederverarbeitete Daten beherrschen möchten, ist diese Rolle genau das Richtige für Sie.
Was Sie tun werden
• Entwerfen und erstellen Sie die Omics-Datenarchitektur. Definieren und entwickeln Sie gemeinsam mit unserem Data-Engineering-Team, wie Omics-Daten gespeichert werden, wenn der Korpus wächst: Was befindet sich in einer Datenbank, was bleibt in Spaltendateien auf S3 und wie alles in den Stack des Unternehmens passt.
• Gewährleisten Sie eine zuverlässige Einnahme. Stellen Sie sicher, dass jeder neue Stapel verarbeiteter Omics-Daten (Variantenaufrufe, Ausdruck, CNV, QC-Metriken, Proben- und Sequenzierungsverfolgung) zuverlässig und konsistent mit unserer Datenmodelldefinition landet.
• Erstellen und pflegen Sie das Omics-Datenmodell. Behalten Sie eine kuratierte Referenzebene als einzige Quelle der Wahrheit bei, halten Sie daraus abgeleitete modellbereite Datensätze getrennt und verfolgen Sie die Abstammung zwischen den beiden, damit jede Modelleingabe auf ihre Quelle zurückgeführt werden kann.
• Machen Sie die Daten benutzerfreundlich. Bauen und entwickeln Sie die Zugriffsebene weiter, damit Wissenschaftler und Models das bekommen, was sie für Kundenverträge, strategische Partnerschaften und interne Forschung und Entwicklung benötigen, ohne Anmeldungen zu schreiben oder jemanden zu fragen.
Was Sie mitbringen
Must-haves
• 4+ Jahre als Dateningenieur, mit von Ihnen erstellten Aufnahmepipelines, die in der Produktion laufen.
• Master in Informatik, Softwaretechnik, Datentechnik (oder gleichwertige Erfahrung)
• Praktische Erfahrung beim Einrichten und Verwalten von CI/CD für Datenpipelines und Codebibliotheken.
• Umfangreiche Erfahrung in der Datenmodellierung: Sie haben Schemata entworfen, die sich entwickelnde Bezeichner, Versionierung und Abstammung verarbeiten.
• Umfassendes Fachwissen über relationale Datenbanken: Schemadesign, Partitionierung, Indizierung, Abfragepläne, Migrationen auf einer Live-Datenbank.
• Tiefgreifende Kenntnisse in der Cloud-Infrastruktur: AWS (S3 und Kerndienste), Infrastruktur als Code (Terraform oder gleichwertig) und Container (Docker), mit fundiertem Urteilsvermögen darüber, was in eine Datenbank gehört und was in Dateien bleibt.
• Umfangreiche Erfahrung in Python und SQL; Du bist vertraut mit Git, CI und der Kommandozeile.
• Sie können Architekturentscheidungen vorschlagen, diese verteidigen und sich mit Ingenieurskollegen austauschen.
• Ein echter Antrieb, Omics zu verstehen, einschließlich der Art und Weise, wie unsere Daten verarbeitet werden, damit Sie für unseren leitenden Bioinformatiker einspringen können, wenn er nicht da ist.
Nice-to-have
• Omics-Erfahrung: Sie haben VCF/MAF-Dateien oder Ausdrucksmatrizen geladen. Vertrautheit mit Nextflow/NF-Core-Pipelines.
• Spaltenformate und Engines (Parquet, Arrow, DuckDB) und ein Orchestrator (Dagster, Airflow, Prefect).
• Metabasis oder eine andere BI-Schicht auf einer relationalen Datenbank.
• LIMS- oder Biobank-Probenverfolgungsintegration.
• Ein technischer Bio-Hintergrund oder frühere Arbeit neben Bioinformatikern.
Was wir bieten
• Mission: in einem hochmodernen Umfeld an der Spitze der Krebsforschung arbeiten.
• Rolle: Seien Sie der Ingenieur hinter dem Datenrückgrat einer besonderen Onkologie-Entdeckungsplattform – und entwerfen Sie mit unserem Datentechnik-Team, wie einer der weltweit seltensten PDO-Multi-Omics- und Funktionsdatensätze gespeichert, bereitgestellt und skaliert wird, damit Wissenschaftler und Modelle jeden Tag darauf aufbauen können.
• Wirkung: Übernahme eines entscheidenden Teils eines schnell wachsenden Unternehmens in der Anfangsphase mit der Möglichkeit, es mitzugestalten; Ihre technischen Entscheidungen werden sich auf unsere Wissenschaft und letztendlich auf die Ergebnisse für die Patienten auswirken.
• Team: Treten Sie einem kollaborativen, multidisziplinären Team bei, in dem Sie gemeinsam mit herausragenden Klinikern, Biologen und Ingenieuren an einer gemeinsamen Mission arbeiten.
Interviewprozess
• Anruf des Einstellungsmanagers: Kennenlernen, Abstimmung der Erwartungen und des Kontexts.…
Quelle: Arbeitnow (https://www.arbeitnow.fr/jobs/companies/orakl-oncology/senior-data-engineer-villejuif-140285)
Bei Orakl Oncology beschleunigen wir die Entwicklung onkologischer Behandlungen. Heutzutage bestehen weniger als 5 % der neuen Krebsmedikamente in klinischen Studien Erfolg. Offensichtlich sind neue Methoden erforderlich. Wir kombinieren modernste Biologie und KI, um die nächste Generation von Insight-Plattformen mit der weltweit größten Kohorte von Tumor-Avataren von Patienten aufzubauen. Diese Avatare treiben unsere KI-gestützte Prognosemaschine an und helfen dabei, die Ergebnisse klinischer Studien zu antizipieren, Therapien zu validieren und neue Medikamentenkandidaten zu entdecken. Durch die Generierung multimodaler, realer Daten liefern wir Erkenntnisse, die bestehende Lösungen durchweg übertreffen.
Unsere Mission ist einfach, aber ehrgeizig: wirksamere Behandlungen für Patienten bereitzustellen, die sie benötigen, und die Arzneimittelentwicklung intelligenter, schneller und personalisierter zu gestalten. Wir arbeiten mit führenden Krankenhäusern, Forschungsinstituten und Pharmaunternehmen weltweit zusammen. Mit der Unterstützung führender Investoren sind wir ein schnell wachsendes, missionsorientiertes Startup an der Schnittstelle von Wissenschaft und Technologie.
Die Rolle
Wir suchen einen neugierigen Ingenieurskopf, der die Skalierung der Omics-Daten von Orakl innerhalb des Computational Biology-Teams leitet.
Jedes in unserem Labor gezüchtete Organoid wird sequenziert (WGS und RNA-seq). Unsere Pipelines wandeln die Rohdaten in verarbeitete molekulare Profile um, und unsere Modelle wandeln diese Profile in Vorhersagen für klinische Studien, Patientensegmente und neue Zielkandidaten um. Ihre Aufgabe wird es sein, Omics-Daten für Bioinformatiker und Forschungsingenieure in einer Form verfügbar zu machen, auf der sie aufbauen können. Sie erfassen deren Bedürfnisse und entwerfen in Abstimmung mit dem Data & Infra-Team die Datendarstellungen, Speicherlayouts und Zugriffsmuster, die das Training und Experimentieren mit Modellen schnell und reproduzierbar machen. Mit der Erweiterung unserer Biobank wird daraus ein riesiger Omics-Korpus, der Kundenverträge, strategische Partnerschaften und interne F&E-Projekte effizient bedienen muss.
Ausgehend von verarbeiteten Omics-Daten beurteilen Sie, wie diese heute gespeichert und bereitgestellt werden, schlagen Lösungen für deren Skalierung vor und treiben deren Umsetzung voran, damit sich unsere Wissenschaftler und Modelle darauf verlassen können. Sie bauen dies Hand in Hand mit unserem Data-Engineering-Team auf und sorgen dafür, dass unsere Omics-Infrastruktur mit dem Rest des Unternehmens-Stacks konsistent bleibt. Sie berichten an den Leiter Computational Biology.
Erfahrung mit Omics-Daten ist ein starkes Plus, keine Voraussetzung. Wenn Sie aus der Welt der herkömmlichen tabellarischen Daten kommen und umfangreiche, vielschichtige und regelmäßig wiederverarbeitete Daten beherrschen möchten, ist diese Rolle genau das Richtige für Sie.
Was Sie tun werden
• Entwerfen und erstellen Sie die Omics-Datenarchitektur. Definieren und entwickeln Sie gemeinsam mit unserem Data-Engineering-Team, wie Omics-Daten gespeichert werden, wenn der Korpus wächst: Was befindet sich in einer Datenbank, was bleibt in Spaltendateien auf S3 und wie alles in den Stack des Unternehmens passt.
• Gewährleisten Sie eine zuverlässige Einnahme. Stellen Sie sicher, dass jeder neue Stapel verarbeiteter Omics-Daten (Variantenaufrufe, Ausdruck, CNV, QC-Metriken, Proben- und Sequenzierungsverfolgung) zuverlässig und konsistent mit unserer Datenmodelldefinition landet.
• Erstellen und pflegen Sie das Omics-Datenmodell. Behalten Sie eine kuratierte Referenzebene als einzige Quelle der Wahrheit bei, halten Sie daraus abgeleitete modellbereite Datensätze getrennt und verfolgen Sie die Abstammung zwischen den beiden, damit jede Modelleingabe auf ihre Quelle zurückgeführt werden kann.
• Machen Sie die Daten benutzerfreundlich. Bauen und entwickeln Sie die Zugriffsebene weiter, damit Wissenschaftler und Models das bekommen, was sie für Kundenverträge, strategische Partnerschaften und interne Forschung und Entwicklung benötigen, ohne Anmeldungen zu schreiben oder jemanden zu fragen.
Was Sie mitbringen
Must-haves
• 4+ Jahre als Dateningenieur, mit von Ihnen erstellten Aufnahmepipelines, die in der Produktion laufen.
• Master in Informatik, Softwaretechnik, Datentechnik (oder gleichwertige Erfahrung)
• Praktische Erfahrung beim Einrichten und Verwalten von CI/CD für Datenpipelines und Codebibliotheken.
• Umfangreiche Erfahrung in der Datenmodellierung: Sie haben Schemata entworfen, die sich entwickelnde Bezeichner, Versionierung und Abstammung verarbeiten.
• Umfassendes Fachwissen über relationale Datenbanken: Schemadesign, Partitionierung, Indizierung, Abfragepläne, Migrationen auf einer Live-Datenbank.
• Tiefgreifende Kenntnisse in der Cloud-Infrastruktur: AWS (S3 und Kerndienste), Infrastruktur als Code (Terraform oder gleichwertig) und Container (Docker), mit fundiertem Urteilsvermögen darüber, was in eine Datenbank gehört und was in Dateien bleibt.
• Umfangreiche Erfahrung in Python und SQL; Du bist vertraut mit Git, CI und der Kommandozeile.
• Sie können Architekturentscheidungen vorschlagen, diese verteidigen und sich mit Ingenieurskollegen austauschen.
• Ein echter Antrieb, Omics zu verstehen, einschließlich der Art und Weise, wie unsere Daten verarbeitet werden, damit Sie für unseren leitenden Bioinformatiker einspringen können, wenn er nicht da ist.
Nice-to-have
• Omics-Erfahrung: Sie haben VCF/MAF-Dateien oder Ausdrucksmatrizen geladen. Vertrautheit mit Nextflow/NF-Core-Pipelines.
• Spaltenformate und Engines (Parquet, Arrow, DuckDB) und ein Orchestrator (Dagster, Airflow, Prefect).
• Metabasis oder eine andere BI-Schicht auf einer relationalen Datenbank.
• LIMS- oder Biobank-Probenverfolgungsintegration.
• Ein technischer Bio-Hintergrund oder frühere Arbeit neben Bioinformatikern.
Was wir bieten
• Mission: in einem hochmodernen Umfeld an der Spitze der Krebsforschung arbeiten.
• Rolle: Seien Sie der Ingenieur hinter dem Datenrückgrat einer besonderen Onkologie-Entdeckungsplattform – und entwerfen Sie mit unserem Datentechnik-Team, wie einer der weltweit seltensten PDO-Multi-Omics- und Funktionsdatensätze gespeichert, bereitgestellt und skaliert wird, damit Wissenschaftler und Modelle jeden Tag darauf aufbauen können.
• Wirkung: Übernahme eines entscheidenden Teils eines schnell wachsenden Unternehmens in der Anfangsphase mit der Möglichkeit, es mitzugestalten; Ihre technischen Entscheidungen werden sich auf unsere Wissenschaft und letztendlich auf die Ergebnisse für die Patienten auswirken.
• Team: Treten Sie einem kollaborativen, multidisziplinären Team bei, in dem Sie gemeinsam mit herausragenden Klinikern, Biologen und Ingenieuren an einer gemeinsamen Mission arbeiten.
Interviewprozess
• Anruf des Einstellungsmanagers: Kennenlernen, Abstimmung der Erwartungen und des Kontexts.…
Quelle: Arbeitnow (https://www.arbeitnow.fr/jobs/companies/orakl-oncology/senior-data-engineer-villejuif-140285)
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Quelle: Orakl Oncology
Inserat bereitgestellt von Orakl Oncology.
