Kıdemli Veri Mühendisi

Orakl Onkoloji Hakkında
Orakl Onkoloji olarak onkoloji tedavilerinin gelişimini hızlandırıyoruz. Bugün yeni kanser ilaçlarının %5'inden azı klinik denemelerde başarılı oluyor. Yeni yöntemlere ihtiyaç olduğu açıktır. Dünyanın en büyük hasta tümör avatarları grubuyla yeni nesil içgörü platformları oluşturmak için en ileri biyolojiyi ve yapay zekayı birleştiriyoruz. Bu avatarlar yapay zeka destekli tahmin motorumuzu besleyerek klinik deneme sonuçlarını tahmin etmeye, tedavileri doğrulamaya ve yeni ilaç adaylarını ortaya çıkarmaya yardımcı oluyor. Çok modlu, gerçek dünya verileri üreterek, mevcut çözümlerden sürekli olarak daha iyi performans gösteren içgörüler sağlıyoruz.
Misyonumuz basit ama iddialı: İhtiyacı olan hastalara daha etkili tedaviler sunmak ve ilaç geliştirmeyi daha akıllı, daha hızlı ve daha kişiselleştirilmiş hale getirmek. Dünya çapındaki en iyi hastaneler, araştırma enstitüleri ve ilaç şirketleriyle işbirliği yapıyoruz. Önde gelen yatırımcıların desteğiyle, bilim ve teknolojinin kesiştiği noktada, hızla büyüyen, misyon odaklı bir girişimiz.

Rol
Hesaplamalı Biyoloji ekibinde Orakl'ın omics verilerinin ölçeklendirilmesine liderlik edecek meraklı bir mühendislik zekası arıyoruz.
Laboratuvarımızda yetiştirilen her organoid dizilenmiştir (WGS ve RNA-seq). İşlem hatlarımız ham okumaları işlenmiş moleküler profillere dönüştürür ve modellerimiz bu profilleri klinik deney tahminlerine, hasta segmentlerine ve yeni hedef adaylara dönüştürür. Göreviniz, omics verilerini hesaplamalı biyologların ve araştırma mühendislerinin üzerine inşa edebilecekleri bir biçimde kullanılabilir hale getirmek olacaktır. İhtiyaçlarını toplayacak ve Veri ve Altyapı ekibiyle koordineli olarak, model eğitimi ve deneylerini hızlı ve tekrarlanabilir hale getiren veri temsillerini, depolama düzenlerini ve erişim modellerini tasarlayacaksınız. Biyobankamız genişledikçe bu, müşteri sözleşmelerine, stratejik ortaklıklara ve dahili Ar-Ge projelerine verimli bir şekilde hizmet etmesi gereken devasa bir omics külliyatı haline gelecektir.
İşlenmiş omics verilerinden başlayarak, bunların bugün nasıl depolandığını ve sunulduğunu değerlendirecek, ölçeklendirmek için çözümler önerecek ve bilim adamlarımızın ve modellerimizin buna güvenebilmesi için bunların uygulanmasını yönlendireceksiniz. Bunu, veri mühendisliği ekibimizle el ele vererek, omics altyapımızı şirketin geri kalanıyla tutarlı tutacak şekilde inşa edeceksiniz. Hesaplamalı Biyoloji Bölüm Başkanına rapor vereceksiniz.
Omics verileriyle ilgili deneyim bir ön koşul değil, güçlü bir artıdır. Geleneksel tablolu veri dünyasından geliyorsanız ve devasa, çok katmanlı ve düzenli olarak yeniden işlenen verilerde uzmanlaşmak istiyorsanız bu rol tam size göre.

Ne yapacaksın

• Omics veri mimarisini tasarlayın ve oluşturun. Veri mühendisliği ekibimizle birlikte, veri tabanı büyüdükçe omics verilerinin nasıl depolandığını tanımlayın ve geliştirin: veritabanında nelerin yaşadığı, S3'teki sütunlu dosyalarda nelerin kaldığı ve bunların şirketin yığınına nasıl uyduğu.

• Güvenilir alımı garanti eder. İşlenen her yeni omics verisi grubunun (varyant çağrıları, ifade, CNV, QC ölçümleri, örnek ve sıralama takibi) veri modeli tanımımıza güvenilir ve tutarlı bir şekilde ulaştığından emin olun.

• Omics veri modelini oluşturun ve sürdürün. Doğruluğun tek kaynağı olarak seçilmiş bir referans katmanını koruyun, ondan türetilen modele hazır veri kümelerini ayrı tutun ve her model girişinin kaynağına kadar izlenebilmesi için ikisi arasındaki kökeni izleyin.

• Verilerin kullanımını kolaylaştırın. Erişim katmanını oluşturun ve geliştirin; böylece bilim adamları ve modeller müşteri sözleşmeleri, stratejik ortaklıklar ve dahili Ar-Ge için ihtiyaç duydukları şeyleri, katılmaya gerek kalmadan veya birine sormadan elde edebilirler.

Ne getiriyorsun
Olması gerekenler

• Oluşturduğunuz alım ardışık düzenlerinin üretimde çalıştığı bir veri mühendisi olarak 4+ yıl.

• Bilgisayar Bilimi, Yazılım Mühendisliği, Veri Mühendisliği alanında yüksek lisans (veya eşdeğer deneyim)

• Veri hatları ve kod kitaplıkları için CI/CD'yi kurma ve sürdürme konusunda uygulamalı deneyim.

• Güçlü veri modelleme deneyimi: Gelişen tanımlayıcıları, sürüm oluşturmayı ve kökenleri ele alan şemalar tasarladınız.

• Derin ilişkisel veritabanı uzmanlığı: şema tasarımı, bölümleme, indeksleme, sorgu planları, canlı bir veritabanı üzerinde geçişler.

• Derin bulut altyapısı becerileri: AWS (S3 ve çekirdek hizmetler), kod olarak altyapı (Terraform veya eşdeğeri) ve konteynerler (Docker), neyin veritabanına ait olduğu ve neyin dosyalarda kaldığı konusunda sağlam karar verme.

• Python ve SQL'de güçlü deneyim; Git, CI ve komut satırı konusunda rahatım.

• Mimari seçenekler önerebilir, bunları savunabilir ve mühendislik alanındaki meslektaşlarınızla yakınlaşabilirsiniz.

• Verilerimizin nasıl işlendiği de dahil olmak üzere, omics'i anlamak için gerçek bir çaba, böylece Kıdemli Biyoenformatikçimiz uzaktayken ona müdahale edebilirsiniz.

Olması güzel şeyler

• Omics deneyimi: VCF/MAF dosyalarını veya ifade matrislerini yüklediniz. Nextflow / nf-core işlem hatlarına aşinalık.

• Sütunlu formatlar ve motorlar (Parquet, Arrow, DuckDB) ve bir orkestratör (Dagster, Airflow, Prefect).

• İlişkisel veritabanının üstündeki metatabanı veya başka bir BI katmanı.

• LIMS veya biyobanka numune izleme entegrasyonu.

• Teknoloji-biyo geçmişi veya biyoinformatikçilerin yanında daha önce çalışmış olmak.

Ne sunuyoruz

• Misyon: kanser araştırmalarında ön saflarda yer alan, son teknoloji bir ortamda çalışmak.

• Rol: Farklı bir onkoloji keşif platformunun veri omurgasının arkasındaki mühendis olun — veri mühendisliği ekibimizle birlikte, bilim adamlarının ve modellerin her gün bunun üzerine inşa edebilmesi için dünyanın en nadir PDO çoklu omiklerinden ve işlevsel veri kümelerinden birinin nasıl depolandığını, sunulduğunu ve ölçeklendirildiğini tasarlayın.

• Etki: erken aşamadaki, hızlı hareket eden bir şirketin kritik bir parçasını, onu şekillendirme fırsatıyla birlikte sahiplenin; mühendislik kararlarınız bilimimize ve sonuçta hasta sonuçlarına taşınacaktır.

• Ekip: ortak bir misyon doğrultusunda yıldız klinisyenler, biyologlar ve mühendislerle birlikte çalışacağınız işbirliğine dayalı, çok disiplinli bir ekibe katılın.

Mülakat Süreci

• İşe Alma Müdürü Çağrısı: Birbirimizi tanımak, beklentilere ve bağlama göre uyum sağlamak.…

Kaynak: Arbeitnow (https://www.arbeitnow.fr/jobs/companies/orakl-oncology/senior-data-engineer-villejuif-140285)