Scientifique, Grandes Bibliothèques

C'est le berceau
Les protéines sont les machines moléculaires de la vie, utilisées dans de nombreuses applications thérapeutiques, diagnostiques, chimiques, agricoles et alimentaires. La conception et l’optimisation de protéines nécessitent beaucoup de connaissances spécialisées et d’efforts manuels, grâce à l’utilisation d’outils informatiques et biologiques personnalisés.
L’apprentissage automatique révolutionne cet espace en permettant des modèles protéiques haute fidélité. Chez Cradle, nous proposons une plateforme logicielle pour la découverte et l'optimisation des protéines guidées par l'IA, afin que les biologistes puissent concevoir des protéines plus rapidement et à grande échelle. Nous sommes déjà utilisés par des clients des secteurs biopharmaceutique, biotechnologique, agrotechnologique, alimentaire et universitaire.
Nous sommes une équipe expérimentée d'un peu moins de 100 personnes. Nous avons déjà construit de nombreux produits à succès et disposons de suffisamment de financement pour plusieurs années de piste. Nous sommes répartis dans trois bureaux à Amsterdam, Boston et Zurich, aux côtés de quelques collègues distants.
Nous offrons à nos employés un salaire très compétitif, une généreuse participation au capital de l’entreprise et un large éventail d’avantages sociaux et de possibilités d’évolution de carrière.

Ce que nous recherchons
Nous recherchons un scientifique (senior) pour rejoindre notre équipe des grandes bibliothèques et piloter le développement de nouvelles capacités de criblage à haut débit pour les interactions protéine-protéine. Dans ce rôle, vous travaillerez au développement de nouvelles méthodes pour cribler des bibliothèques de variantes de protéines (par exemple des anticorps) pour mesurer les affinités de liaison des interactions protéiques. Vous développerez des méthodes innovantes pour explorer les paysages séquence-fonction, générant des ensembles de données à grande échelle. Ces ensembles de données alimenteront les modèles de la plateforme Cradle AI/ML, renforceront les recommandations de conception, accéléreront l’optimisation des protéines et approfondiront la compréhension des performances des protéines. Vos efforts permettront à nos clients de concevoir de meilleures protéines, plus rapidement, dans les applications biotechnologiques.

Responsabilités
Développement et exécution de méthodes

• Développer et optimiser de nouveaux flux de travail pour le criblage de bibliothèques d'interactions protéine-protéine à haut débit

• Créer et optimiser des pipelines d'analyses in vitro ou cellulaires sur plusieurs modalités d'affichage et de criblage (levure, phage, ARNm, présentation sur ribosomes ou présentation sur mammifères)

• Concevoir, construire et exécuter des cadres de biologie moléculaire et de biochimie pour la construction, le criblage et la génération de données à grande échelle.

• Établir des tests robustes et reproductibles avec la rigueur statistique requise pour la formation, l'évaluation et l'optimisation des modèles ML.

Direction technique

• Piloter et diriger des projets depuis la conception expérimentale jusqu'à la livraison des données

• Identifiez les opportunités d'amélioration du débit, de la qualité des données, de la répétabilité et de l'efficacité du flux de travail.

• Collaborer avec une équipe interfonctionnelle pour résoudre des problèmes techniques complexes et itérer sur des solutions.

Collaboration interfonctionnelle

• Collaborer avec l'équipe ML pour définir les exigences en matière de données et intégrer les résultats expérimentaux dans le pipeline ML.

• Communiquer efficacement les résultats, les idées et les défis techniques dans toutes les disciplines.

• Contribuer à façonner l'orientation scientifique de l'équipe des Grandes Bibliothèques et contribuer de manière significative à l'avancement de la plateforme Cradle.

Votre parcours
Il manque un ou deux points dans la liste ci-dessous ? Ne vous inquiétez pas, si ce rôle vous enthousiasme et que vous répondez à la plupart de ces critères, nous souhaitons certainement avoir de vos nouvelles. Dans le formulaire de candidature, vous aurez l'occasion d'éveiller notre curiosité en nous racontant quelque chose d'innovant sur lequel vous avez travaillé.

• Doctorat en biochimie, biologie moléculaire, biophysique, biologie synthétique, bio-ingénierie ou dans un domaine connexe.

• Créativité démontrée dans le développement de méthodes : vous avez inventé ou adapté de manière substantielle des flux de travail, et pas seulement exécuté ceux établis.

• Enthousiasme d'apprendre, de contribuer et de stimuler l'innovation dans un environnement de startup en phase de démarrage. Soyez à l’aise avec l’ambiguïté et un environnement au rythme rapide.

• Solides compétences en communication verbale et écrite en anglais. Partager de manière proactive les résultats, les réussites et les défis dans un environnement interfonctionnel.

• Capacité à exécuter plusieurs projets simultanément tout en garantissant que les étapes du processus sont documentées et que les données physiques/numériques sont organisées.

Les gentils à avoir
Une expérience dans un ou plusieurs des domaines suivants serait un avantage :

• Méthodologies de construction de bibliothèques d'ADN à grande échelle (> 10 ^ 6 variantes)

• Plateformes d'affichage (levure, phage, ARNm, affichage de ribosomes ou affichage de mammifères)

• Cytométrie en flux et FACS

• Familiarité avec les techniques de mesure de cinétique de liaison (SPR, BLI, ELISA, etc.)

• Outils de préparation de bibliothèques de séquençage de nouvelle génération, de contrôle qualité et d'analyse bioinformatique (Illumina, Nanopore, PacBio).

• Expérience en matière de conception expérimentale statistiquement rigoureuse et d'évaluation de la qualité des données

• Analyse de données à haut débit ou connaissance des langages de script (Python, R)

• Automatisation classique de laboratoire à haut débit (robots de manipulation de liquides, lecteurs de plaques, préleveurs de colonies)

En savoir plus sur l'équipe BioEngineering
Nous sommes assez ouverts sur ce sur quoi nous travaillons au sein de notre équipe de bio-ingénierie. Si vous souhaitez en savoir un peu plus avant de postuler, consultez les articles de blog de notre équipe ( lien 1 , lien 2 ) ou regardez notre webinaire sur l'automatisation des laboratoires .
Notre engagement pour un recrutement inclusif
Cradle évalue tous les candidats en fonction de leur mérite, sans distinction de sexe, de genre, d'origine ethnique, d'origine socio-économique ou de tout autre aspect de leur identité. Nous maintenons une tolérance zéro à l’égard de la discrimination et encourageons activement les candidats de tous horizons à postuler.

Divulgation de l'IA
Cradle utilise un système de suivi des candidats qui comprend des fonctionnalités de base assistées par l'IA qui peuvent générer des scores ou des classements en fonction de la façon dont les candidatures correspondent à une description de poste. Ces résultats ne sont pas utilisés pour prendre ou influencer de manière significative les décisions d'embauche : tous les candidats sont évalués au moyen d'un examen approfondi et dirigé par des humains par notre équipe de recrutement.…

Source : Arbeitnow (https://www.arbeitnow.nl/jobs/companies/cradlebio/scientist-large-libraries-amsterdam-402474)